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La gestión de la investigación universitaria implica la evaluación continua de la producción científica, sin disociarlo del recurso humano, presupuesto, infraestructura y tecnología. Este artículo analiza el componente investigación de la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad de Panamá, a través de un estudio integrado según perfiles, competencias y objetivos alcanzados, con el fin de generar insumos para la reestructuración institucional. Se basó en un estudio descriptivo para el análisis de datos institucionales del 2007 al 2018, además se aplicaron encuestas y entrevistas para contextualizar los datos. Los resultados muestran que el 80% de los profesores percibe una deficiente gestión de la investigación a nivel departamental; existe poca colaboración en los departamentos y, mucho menos, entre los departamentos, lo que limita la adopción de los nuevos paradigmas de la interdisciplinariedad y de la multidisciplinariedad. El 59.18% de los profesores regulares no han finalizado ninguna investigación en un periodo de 12 años. El 91% identifica la falta de presupuesto como la principal limitante para investigar, seguido de la carga laboral docente y administrativa con un 70%.