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El rendimiento del ensayo GeneXpert MTB/RIF para el diagnóstico de la tuberculosis extrapulmonar (TBEP) no se ha investigado en Panamá. El objetivo del estudio fue evaluar la precisión diagnóstica del ensayo GeneXpert MTB/RIF para diversas muestras extrapulmonares en relación con el método de referencia: cultivo MGIT/LJ (Mycobacteria Growth Indicator Tube/Lowenstein-Jensen). Obtuvimos un total de 200 muestras clínicas y se analizaron para detectar TBEP mediante el ensayo GeneXpert MTB/RIF y métodos convencionales estándar (cultivo y frotis directo). La sensibilidad (S), la especificidad (E), el valor predictivo positivo (VPP) y el valor predictivo negativo (VPN) del ensayo Xpert MTB/RIF para TBEP fueron del del 66.6 %, 97.3 %, 66.6 y 97.3 %, respectivamente. Se encontró que el ensayo GeneXpert MTB/RIF tiene buena especificidad, pero su sensibilidad es variable y dependerá del tipo de muestra utilizada. Concluimos que el GeneXpert MTB/RIF representa una buena herramienta para el diagnóstico de TBEP, pero un resultado negativo, no descartará la enfermedad. Por lo tanto, no puede recomendarse para reemplazar las pruebas convencionales estándar para el diagnóstico de TBEP, sin embargo, su uso junto a las metodologías tradicionales mejora el diagnóstico.