El principal reto de los corredores biológicos como estrategia efectiva de conservación, es el de conciliar las necesidades de las poblaciones humanas con las de conservación de la biodiversidad. Lograr fusionar estas dos necesidades, requiere de comprender el papel de los agroecosistemas para esta conservación. Con el objetivo de explicar este aporte, se seleccionaron seis diferentes usos de suelo desde bosques hasta monocultivos de caña de azúcar. Por un período de doce meses, se capturó, evaluó y anilló a especies de aves residentes y migratorias. Se capturaron un total de 1,615 individuos distribuidos en 26 familias y 121 especies, con un esfuerzo de captura de 2,400 horas/red. Los hábitats de café agroforestal acumularon el 49% del total de individuos capturados, y en conjunto con el hábitat de cacao agroforestal aportaron 81% de las especies migratorias, siendo las dos más abundantes aquellas que son generalistas. Con respecto al número de especies acumuladas, hubo diferencias significativas (p<0.05) entre el café agroforestal multiestrato y el bosque. Las cercas vivas (pasturas) presentaron el mayor número de especies esperadas (85.75 ± 22.26). Estos resultados muestran la importancia de los agroecosistemas para la conservación de aves residentes y migratorias neotropicales. El hábitat bosque, aportó once especies únicas y dependientes del mismo. Los agroecosistemas evaluados aportan a la conservación de la avifauna, sin embargo, es esencial que fragmentos de bosque sean conservados dentro de la matriz del paisaje porqué estos aportan especies únicas y de importancia para la conservación.