Uno de los problemas más grandes de las descargas de aguas residuales es que actualmente se desconoce su origen o causa raíz. Esta investigación trata de determinar la causa raíz de la contaminación difusa y puntual de la calidad de agua en bahía Manzanillo, corregimiento de Cristóbal, distrito y provincia de Colón de la República de Panamá. Se levantó un análisis geográfico de cuencas y microcuencas para determinar fuentes del problema hidrológico, basado en programas de mapeo del Modelo Digital de Terreno, o Digital Elevation Model (DEM) y la Misión Topográfica Shuttle Radar, o Shuttle Radar Topographic Mission (SRTM). En este estudio se comprueba  el deterioro de los cuerpos de agua y la zona con mayor probabilidad de generar los vertimientos (o descargas), se identificó un polígono central como el prioritario para analizar y se infirió que dentro de esta unidad se encuentra la fuente contaminante de descargas de aguas residuales, donde se determinó que hay una contaminación puntual y no difusa. Se propone elaborar una herramienta para iniciar la restauración ecológica que queremos sea considerada como elemento clave a la hora de establecer las futuras redes de control de contaminación.