El estudio se centra en la creación de dos bases de datos relacionadas para documentar: a) los naufragios ocurridos durante los siglos XVI y XVII y b) sus correspondientes datos toponímicos, con el objetivo generar la documentación histórica de las investigaciones relacionadas con la arqueología submarina en el Área de Panamá. Diseñar y desarrollar bases de datos relacionales en MySQL que almacenen y analicen información detallada sobre naufragios históricos y toponimia relevante para facilitar la investigación arqueológica submarina. El proyecto adoptó un enfoque interdisciplinario que integró investigación documental y bibliográfica, análisis paleográfico, diseño de bases de datos y cartografía histórica. Al mismo tiempo que se diseñaron las bases de datos, se recopilaron información de fuentes primarias y secundarias, se transcribieron y se analizaron documentos en español antiguo, se utilizó el software para Bases de Datos MySQL para la construcción de las bases de datos. Se diseñaron las bases de datos mediante el modelo Entidad-Relación, obateniendo el diagrama de entidad-relación y el esquema relacional. Se aplicó la teoría de la normalización para eliminar redundancias. Las bases de datos resultantes permiten una gestión eficiente y precisa de la información, facilitando el análisis y la investigación. El desarrollo de estas bases de datos relacionales en MySQL proporciona una herramienta robusta para la investigación en arqueología submarina en el Área de Panamá, mejorando la accesibilidad y precisión de la información sobre naufragios y toponimia histórica.