En este trabajo se registran las especies vegetales relacionadas con el conocimiento cultural de dos comunidades indígenas de la etnia Emberá del Río Gatún (San Juan de Pequení, La Bonga y Emberá Cimarrones).  El tema se abordó desde la perspectiva etnobotánica, destacando la presencia y el papel de las plantas accesibles en las zonas. En tal sentido, se resaltan aspectos de interés propios de la etnobotánica como son la nomenclatura científica y vernácula de las especies, los usos, las formas de forma de preparación, así como el flujo y persistencia de la información entre generaciones de los moradores. Se registró información para 81 especies vegetales todas con usos conocidos, las familias más nombradas fueron:  Arecaceae, Anacardiaceae, Malvaceae y  Rubiaceae . Mediante encuestas y entrevistas (personas clave), se identificaron 206 usos de las especies, distribuidos en 7 categorías etnobotánicas siendo la medicinal (48) y la comestible (41 ) las categorías mayormente mencionadas. El estudio demuestra que los Emberá son un grupo fuertemente ligado a la naturaleza y sus necesidades vitales están sustentadas por el recurso vegetal, situación que les permite ser conscientes de la conservación y manejo sostenible de los bosques que los rodean.