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La contaminación por metales pesados es una de las principales amenazas para los ecosistemas acuáticos que genera efectos adversos sobre la biota. En este estudio, se evaluó la genotoxicidad del agua del río Siete en juveniles de Oreochromis niloticus mediante el ensayo de micronúcleos y el ensayo Cometa. Se establecieron cinco tratamientos con diferentes concentraciones de agua contaminada (0 %, 10 %, 25 %, 50 % y 100 %), para la evaluación de la supervivencia y los efectos genotóxicos en eritrocitos tras 19 días de exposición. El análisis del agua y sedimentos reveló que las concentraciones de arsénico en el agua y el plomo en lo sedimentos superan los límites normativos, lo que podría representar un riesgo ambiental para la biota acuática. Los biomarcadores genotóxicos mostraron una relación dosis-dependiente con la contaminación, evidencia por un aumento significado en la frecuencia de micronúcleos y en la fragmentación del ADN en los tratamientos con mayores concentraciones de agua contaminada (p < 0,05). El ensayo Cometa reflejó niveles progresivos de daño en el ADN, se observó una disminución en la actividad locomotora en los peces expuestos a metales pesados, mientras que en el grupo control se registró un aumento en la agresión intraespecífica y el canibalismo. Estos resultados subrayan la importancia del monitoreo ambiental continuo y el uso de O. niloticus como bioindicador de contaminación por metales pesados en ecosistemas acuáticos.