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O objetivo principal desta pesquisa foi avaliar a qualidade da matriz de água superficial em afluentes do rio La Villa, em Los Santos, por meio da quantificação parasitária de organismos de vida livre presentes nessa matriz, com enfoque na recuperação do gênero Cryptosporidium spp. por meio de técnicas moleculares, como a reação em cadeia da polimerase (PCR) Foi utilizado o protocolo 1623 da EPA como padrão para a recuperação de Cryptosporidium spp. e Giardia spp., visando maximizar a detecção do maior número possível de formas parasitárias. Os resultados evidenciaram uma ampla diversidade parasitária, a qual foi dividida em grupos para melhor análise, demonstrando diferenças significativas entre os gêneros. Ao observar oocistos do gênero Cryptosporidium spp. por meio de coloração específica, optou-se pela realização de testes de PCR para confirmar a presença desse parasito de importância sanitária na região. A análise estatística indicou a rejeição da hipótese nula, evidenciando que as médias dos grupos não são iguais. Essas médias foram classificadas em três categorias: significativas, intermediárias e não significativas, a fim de facilitar a interpretação dos resultados. A partir desses achados, foram iniciadas novas investigações sobre esse parasito de interesse sanitário e sua relação com parâmetros físico-químicos em diferentes matrizes de água.