La calidad del agua está definida por una serie de características físicas, químicas y biológicas. En los conjuntos de datos de calidad de agua, las variables o grupos de variables se relacionan, y desde magnitudes diferentes presentan similitudes. Esto podría ser porque más de una se rige por el mismo principio, permitiendo evaluar el funcionamiento en un sistema acuático. En el presente estudio se simplificó el conjunto de variables: temperatura, pH, transparencia, turbiedad, nitratos, ortofosfatos, fósforo y nitrógeno total, clorofila a, radiación solar, oxígeno disuelto y microcistinas; que determinan la calidad de agua en los sitios de muestreo, Gamboa (643343E; 1007468N) y Paraíso (651144E; 997879N), ubicados en el embalse Gatún, con el objetivo de encontrar grupos homogéneos de variables que expliquen la calidad de agua desde una dimensión reducida. Esto se realizó mediante la aplicación del análisis factorial como método de análisis multivariante. Se realizaron mediciones en campo y se colectaron muestras para análisis de laboratorio. Los muestreos se realizaron durante febrero a mayo y julio a diciembre de 2009. Un total de doce (12) variables de calidad de agua fueron medidas. Los resultados sugieren que la aplicación del análisis factorial extrae cinco (5), factores que consiguen explicar un 73.06% de la varianza de los datos originales, con lo cual se logra reducir y resumir doce variables a cinco factores que representan las nuevas variables de calidad de agua.