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Los estudios sobre diversidad genética son clave en el manejo de la conservación porque pueden detectar la resiliencia de la población de primates ante cambios ambientales y antropogénicos. En este trabajo estudiamos la diversidad genética y la conectividad en una muestra de la población de mono aullador Alouatta coibensis coibensis de isla Coiba en Panamá. Colectamos catorce muestras de heces de individuos de dos sitios del lado norte y noreste de la isla (Sendero Gambute y Los Pozos, respectivamente). Secuencias parciales del gen citocromo oxidasa I (COI) generadas a partir del DNA obtenido de esas muestras fueron utilizadas como marcador molecular para determinar la diversidad genética. Los valores de diversidad haplotípica presentaron un rango entre 0.68 y 0.80 y entre 0.0026 y 0.0041 para la diversidad de nucleótidos. La conectividad genética basada en distancias genéticas reducidas y valores estadísticos de Snn no significativos sugieren una conectividad elevada entre sitios y la existencia de una sola población con buena variabilidad. Los datos de la historia demográfica mostraron un Tajimas D positivo como un indicativo de la contracción y tamaño reducido de la población de esta especie. Estos resultados serán la base para una mejor comprensión de la estructura poblacional, salud genética, patrones de conectividad y comportamiento reproductivo a lo largo de la isla más grande del Pacífico Centroamericano. Esta información permitirá a los científicos, comprender y evaluar mejor el estado de conservación de este primate, confirmando una buena disponibilidad de flujo genético incluso para esta población que vive aislada.