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Los hongos endófitos desempeñan un papel crucial en la supervivencia y adaptación de sus plantas huésped. En las últimas décadas, se ha reportado una diversidad sin precedentes de hongos endófitos en angiospermas, pero se carece de conocimiento sobre esta diversidad en las gimnospermas tropicales. Entre las gimnospermas, las cícadas (Cycadales) son componentes importantes de los bosques neotropicales con altos niveles de endemismo en América Central y del Sur. Utilizamos una combinación de cultivo axénico y secuenciación Sanger para aislar e identificar endófitos foliares de dos cícadas endémicas de bosques húmedos de Panamá, Zamia y Z. pseudoparasitica. Esta última es la única gimnosperma epífita conocida. En Z. pseudoparasitica se aislaron 50 morfotipos de El Copé, 58 de Santa Fe y 22 de Cerro Marta. Se muestreó una población silvestre de Z. nana (El Valle de Antón), de la cual se recuperaron 74 morfotipos y también se muestreó Z. nana del Jardín Internacional de Cícadas en la Ciudad de Panamá. La secuenciación de 69 cultivos con el locus ITS rRNA identificó varios ascomicetos: Colletotrichum, Cercophora, Hypoxylon, Phyllosticta, Xylaria y un basidiomiceto: Tritirachium. Este es uno de los primeros estudios en documentar la diversidad de hongos endófitos en una gimnosperma neotropical y proporciona una ventana a los hongos endófitos que habitan en las hojas de las plantas tropicales.