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En la República de Panamá existen muchos colegios que se encuentran en áreas rurales en los cuales no se cuenta con sistemas de alcantarillado municipal. Muchos contratistas de proyectos toman como referencia el sistema de tanque séptico como el sistema primario más versátil en cuanto a manejo de plantas de tratamiento de aguas residuales. Este estudio presenta una modelación comparativa entre un sistema de tratamiento de Tanque Imhoff y el sistema de reactor anaerobio de flujo ascendente y manto de lodo para escuelas. Los resultados establecen que el segundo sistema de tratamiento es económicamente más eficiente teniendo una ventaja del 48% en cuanto a costo de construcción por metro cuadrado, un 2% menos que el primer sistema (Tanque Imhoff), y una ventaja como sistema anaerobio en la remoción de sólidos con un 76.7% (87.11 mg/L) de capacidad.