Los ríos y arroyos son ecosistemas dinámicos donde los factores químicos y físicos fluctúan constantemente. Esta variabilidad hace necesario el estudio de indicadores biológicos como las diatomeas ya que proporcionan una evaluación más integral y precisa del estado del cuerpo de agua. A una profundidad de no más de 10 centímetros se recolectaron cinco rocas de aproximadamente el mismo tamaño en tres sitios a lo largo del Río Cáceres, se rasparon con un cepillo de cerdas firmes y con el líquido resultante se procedió a la oxidación, lavado y preparación del material para observaciones microscópicas. Se contabilizaron 832 valvas y se registran 17 géneros de diatomeas epilíticas, en donde los más abundantes fueron Navicula (26%), Cocconeis (20%), Nitszchia (17%) y Gyrosigma (17%). La riqueza de géneros por sitio es parecida, sin embargo, el sitio CADU y El Llano presentan mayor similitud, debido a la cercanía en ubicación y valores en los parámetros fisicoquímicos. El 62% de la variación en abundancia está relacionada con la conductividad eléctrica y los sólidos disueltos totales en la parte alta del río. La abundancia del género Cocconeis, Navicula, Nitzchia y Gyrosigma, así como la baja presencia de otros géneros en los diferentes sitios sugiere que el Río Cáceres presenta contaminantes orgánicos, lo que está afectando las comunidades de diatomeas epilíticas y por ende la calidad de agua.
