Existe escasa investigación sobre las enfermedades no transmisibles (ENT) y el medio ambiente en Panamá. Evaluar la relación entre las variables climáticas y de contaminación y las muertes por ENT seleccionadas (enfermedad respiratoria crónica, enfermedad cardiovascular y diabetes) en adultos de 65 años o más residentes en la Ciudad de Panamá entre 2003 y 2014. De diferentes fuentes recolectamos series mensuales de: 1) muerte por ENT seleccionadas (Instituto Nacional de Estadística y Censo), 2) contaminantes atmosféricos PM10 y NO2, (del SIA -UP-) y cambio de temperatura del mar (de NOAA), y 3) variables climáticas (de Empresa de Transmisión Eléctrica SA). Se construyó un Índice Ambiental (EI) utilizando la técnica de análisis factorial de componentes principales, derivado de análisis previos de cointegración y estacionalidad estable de todas las variables de estudio mediante descomposición estacional utilizando el Método Aditivo de X-12 ARIMA. Se encontró relación entre la mortalidad por las enfermedades estudiadas y las variaciones en la condición ambiental por pruebas de cointegración y la estacionalidad estable para las IE (p<0,01), demostrando proestacionalidad conjunta con las ENT. Las cargas factoriales que componen EI fueron temperatura máxima: 0,23215; humedad relativa: -0,52616; lluvia: -0.19430, velocidad del viento: 0.21889; y PM10: 0,10570. Durante junio y julio se presentó la mayor mortalidad por enfermedad respiratoria crónica y enfermedad cardiovascular, respectivamente. La mayor mortalidad por diabetes ocurrió en septiembre y octubre. Reportamos una evolución procíclica de acuerdo a la severidad de El Niño y La Niña con EI. La IE y su relación mensual con las muertes causadas por ENT seleccionadas podría ser una herramienta de alerta temprana que permita medidas de mitigación o adaptación para la población de 65 años y más. Si bien la relación entre las variaciones ambientales por el clima y la contaminación ha sido demostrada de manera estadística, con la mortalidad en las variables de estudio, es importante profundizar en las interacciones subyacentes entre el clima y la contaminación.