Con la finalidad de terminar la calidad del agua y la estructura trófica de las comunidades de insectos acuáticos, se establecieron tres estaciones de muestreo a una distancia de 40 km de trayecto a lo largo de los ríos Zaratí y La Chorrera. Las estaciones comprendieron distintos tramos ubicados en las partes alta, media y baja de los ríos. Por cada estación la unidad de esfuerzo de muestreo, fue de una hora y se invirtió el mismo esfuerzo de trabajo por río. El muestreo se realizó desde abril a septiembre de 2014 y se realizó con una red tipo “D” de 500 ?m de ojo de malla, mediante arrastres en los hábitats más representativos. Para el análisis de la calidad biológica del agua se emplearon los siguientes índices: Shannon-Wiener y el índice EPT. La asignación de los grupos funcionales alimentarios de colectores-filtradores, colectores-recolectores, raspadores, depredadores y trituradores se hizo primariamente de acuerdo a la literatura especializada para taxones neotropicales y para los que no se encontró información en la literatura para el Neotrópico se utilizó la asignación propuesta por Cummins, et al., (2008) para Norte América. En el río La Chorrera en total se recolectaron 1434 individuos distribuidos en siete órdenes, 28 familias y 47 géneros, y en río Zaratí 1219 individuos distribuidos en nueve órdenes, 33 familias y 49 géneros. Los órdenes más abundantes, en cuanto al número de individuos, en ambos ríos fueron: Odonata, Hemiptera, y Trichoptera. Los depredadores dominaron en riqueza y abundancia a nivel de río y a nivel de tramos en el río La Chorrera y el río Zaratí. La calidad biológica del agua para los ríos la Chorrera y Zaratí fue de moderadamente impactada. El índice biológico que determina mejor la calidad de las aguas es posiblemente el índice EPT (“Taxa”).