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Se determinó la calidad biológica del agua en la parte media-baja del río Santa María, a través del estudio de las comunidades de insectos acuáticos presentes en este río. Durante los meses de abril de 2002 a abril de 2003, se obtuvieron en cada una de las 13 estaciones de muestreo, valores para la calidad biológica del agua aplicando el índice BMWP’. Además se midió la conductividad, concentración de oxígeno disuelto, salinidad y temperatura del agua. Estos parámetros mostraron que en el cauce principal del río Santa María las condiciones son estables. Sin embargo, la calidad biológica del agua en la parte media-baja del río Santa María se clasifica como crítica.