Se presentan datos sobre la composición de comunidades de anfibios y reptiles en localidades del Parque Nacional Santa Fé (PNSF) y del Parque Nacional General de División Omar Torrijos Herrera (PNGDOTH). Ambas áreas protegidas fueron impactadas respectivamente en el año 2002 y 2004 por la quitridiomicosis, una enfermedad exclusiva para los anfibios y causada por el hongo Batrachochytrium dendrobatidis. Se realizaron muestreos en transectos, aplicando la técnica de encuentro visual de día y de noche. Los muestreos se hicieron en febrero de 2013 en el PNSF y en septiembre de 2012 en el PNGDOTH. En el PNSF se registran 56 anfibios de 12 especies y 43 reptiles de 11 especies. En el PNGDOTH 91 anfibios de 19 especies y 42 reptiles de 17 especies. Según el muestreo la diversidad de anfibios en ambas localidades, medida a través de índices ecológicos, es medianamente alta y sin dominancia de una especie. El arreglo de reptiles en la localidad del PNSF es poco diverso y con dominancia de un par de especies en comparación al arreglo en la localidad del PNGDOTH. Es necesario un esfuerzo de muestreo estandarizado en ambas localidades para mayor certeza comparativa. Muchas especies que se registran en este trabajo son valiosas para la conservación en Centroamérica y resaltan para mejorar la gestión de ambas áreas protegidas.