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Los hifomicetos acuáticos son un grupo de hongos asexuales especializados en la descomposición de la materia orgánica y ciclado de nutrientes en los ecosistemas acuáticos. El estudio de la diversidad de los hifomicetos acuáticos es de gran importancia ecológica, ya que estos hongos son indicadores de la calidad de los ecosistemas acuáticos. Se analizó la diversidad de hifomicetos acuáticos a partir de muestras de espuma y hojarasca
sumergida con evidencia de descomposición, colectadas de las cuencas alta, media y baja del río Caimito, se utilizó el índice de Shannon-Wiener para evaluar la diversidad. En total se identificaron 51 morfoespecies, de las cuales 43 fueron clasificadas a nivel de especie, distribuyéndose en 35 géneros. La distribución a lo largo de la trayectoria de la cuenca fue de 27 morfoespecies en la cuenca alta, 26 en la cuenca media y 25 en la cuenca baja. El índice de diversidad total fue de 2.65, lo que indica una diversidad media y sugiere una relativa estabilidad en el ecosistema acuático, aunque posiblemente afectada por actividades antropogénicas.