En el mes de mayo de 2003 se realizaron colectas en 15 estaciones de muestreo ubicadas en el Golfo de San Miguel con el propósito de determinar diversos parámetros físico químicos como: temperatura, salinidad, oxígeno, pH, transparencia, granulometría y materia orgánica. La temperatura registrada presentó un promedio de 26,9 ºC, oscilando entre los 26,0 ºC y 29,0 ºC en todas las estaciones. La salinidad presentó pocas variaciones con un promedio de 28,9 ^o/oo, observándose que disminuye en la zona convergente de los ríos Savana y Tuira. El oxígeno disuelto aumentó a medida que las estaciones de muestreo se alejan de zonas de manglares, mientras que los rangos de pH se mantuvieron dentro de los parámetros esperados. La transparencia fue generalmente menor a un metro producto del aporte terrígeno de la cuenca hidrográfica Tuira-Chucunaque, reflejo de la consistencia limo arcillosa de la mayoría de las partículas del sedimento. La materia orgánica promedió un 47% en las estaciones, siendo las que se encontraban más cercanas a manglares las que presentaron valores mayores. El análisis multivariado del agrupamiento de las estaciones presenta 2 grupos bien definidos, mientras que los parámetros fisicoquímicos parecen indicar una mayor afinidad entre las partículas limo arcillosa, la temperatura, la salinidad y la transparencia.