Entre enero y agosto del 2007 se evalúo el ecosistema fluvial a lo largo de un gradiente de sitios deforestados en la cuenca de un río neotropical (Rio Capira, República de Panamá). Se muestrearon seis sitios en los que se midió la diversidad y la calidad del agua para investigar el impacto en la alteración del hábitat sobre el río. Los sitios externos al Parque Nacional Altos de Campana (PNAC) muestran una similar composición taxonómica, sin embargo en los sitios dentro del PNAC se encuentran taxa raros que causan una disimilitud con los restantes sitios muestreados fuera del Parque Nacional. Las variables fisicoquímicas muestran fluctuaciones a lo largo de los sitios de estudio y entre épocas meteorológicas. Los índices de calidad de aguas BMWP/CR, BMWP/Col e ICA/Pan sugieren que la calidad del agua cambia entre sitios y entre épocas. En los sitios conforme se transcurre río abajo hay un progresivo deterioro del ecosistema acuático producto de la alteración del hábitat por la actividad humana, mientras que cuando llegan las lluvias cambian la química del agua reduciendo la calidad del agua, alterando los arreglos de macroinvertebrados bénticos. Los diagnósticos de la calidad del agua brindada por el ICA/Pan son similares a los del BMWP/Col pero este último con menor inversión económica. Este estudio suministra información valiosa acerca de los efectos de la alteración del hábitat en la estructura de los macroinvertebrados bénticos dentro y fuera del área protegida.