Con el propósito de determinar el nivel de contaminación bacteriológica y físico-química que aporta el río San Pedro al Golfo de Montijo, se obtuvieron muestras de agua de la desembocadura del río. El área estudiada no presenta contaminación fisicoquímica en cuanto a ciertos parámetros estudiados (SST, pH, DBO, OD). Sin embargo, hay señales de alerta en cuanto a concentraciones de detergentes detectadas durante los meses de abril y mayo (0.95 mg/dm3) en la mayoría de las estaciones de muestreo. Igualmente, son preocupantes las concentraciones detectadas de nutrientes, sobre todo de nitratos en la época lluviosa, cuyas concentraciones promedios oscilaron entre 1.084 mg/dm3 y 2.444 mg/dm3. Los hallazgos de coliformes fecales en todas las estaciones de muestreo sugieren la presencia de heces de humanos y/o de animales, las cuales pueden estar siendo descargadas directa o indirectamente al río.