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El presente análisis explica los aspectos que se incorporan en el control de mercancías a nivel del comercio regional centroamericano de acuerdo con las nuevas disposiciones que establece el marco del derecho comunitario y la gobernanza en la generación de políticas públicas, desde los espacios del subsistema económico que garantizan la seguridad del comercio y la fluidez del tránsito en la cadena de suministro intrarregional. El análisis es de tipo descriptivo con enfoque mixto. Se busca describir los controles armonizados para la comercialización de la mercancía y las instituciones del subsistema que regulan las directrices en materia de seguridad en la cadena de suministro y además se establecen los futuros retos que implica el proceso basado en el análisis de documentos y datos estadísticos. Del análisis se concluye que en cuanto a la República de Panamá, el principal desafío para el control de la mercancía dentro del proceso de integración económica es el avance en el intercambio de información entre los Estados parte, el establecimiento de reglas y parámetros comunes en la definición de alertas de riesgo, así como la activación de datos de inteligencia sobre mercancías y agentes económicos.