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La presencia de microorganismos en las limas endodónticas constituye un peligro considerable para la seguridad del paciente y la calidad de los procedimientos. Esta investigación analizó la presencia de microorganismos en limas nuevas y re-esterilizadas empleadas en la Facultad de Odontología de la Universidad de Panamá. Se examinaron 26 limas, categorizadas en seis grupos de acuerdo a su condición de uso, procedimiento de limpieza y esterilización. Los hallazgos revelaron que todas las limas recién fabricadas tenían bacterias, identificando posibles Streptococcus y Staphylococcus. Igualmente, el 50% de las limas re-esterilizadas mostraron contaminación, sin diferencias notables entre los métodos de limpieza pre esterilización (manual o ultrasónica). Por otro lado, las limas usadas sin esterilizar exhibieron una contaminación del 100%, destacando la presencia de Streptobacillus. Estos descubrimientos evidencian carencias tanto en los controles de calidad de producción como en los protocolos de esterilización aplicados. La presencia de microorganismos en limas re-esterilizadas se debe a la persistencia de residuos biológicos que funcionan como barreras de protección contra el vapor del autoclave. Este análisis enfatiza la importancia de establecer protocolos obligatorios de pre esterilización para limas nuevas, además de la mezcla de técnicas químicas y físicas en la limpieza de herramientas utilizadas. De igual forma, se aconseja la formación continua del personal de atención odontológica y la implementación de herramientas moleculares para detectar microorganismos resistentes y optimizar los criterios de esterilización. Estas iniciativas ayudarán a disminuir el peligro de infecciones cruzadas y mejorar la seguridad en los procedimientos endodónticos en la clínica de la facultad.