El Limón Persa (Citrus latifolia) es una especie atractiva a los productores e inversionistas panameños. La Diversidad Genética de 16 clones de Limón Persa procedentes de dos viveros oficiales; 11 del Ministerio de Desarrollo Agropecuario (MIDA) y 5 del Instituto de Innovación Agropecuaria de Panamá (IDIAP) fue estimada mediante marcadores moleculares Inter Simple Sequence Repeats (ISSR) en el Laboratorio de Biología Molecular de la Facultad de Ciencias Agropecuarias de la Universidad de Panamá. Se seleccionaron 13 de 17 cebadores ISSR evaluados que generaron 30 bandas polimórficas. Se utilizó el Programa Computacional PopGene^® para la generación de los resultados. Los resultados reflejaron existencia de 3 duplicados entre las 11 muestras evaluadas procedentes de Divisa y que 2 de las 5 muestras provenientes de Rio Hato se encuentran también establecidas en Divisa con identificaciones diferentes.  No se encontraron duplicados dentro de las muestras de Rio Hato. Se concluye las muestras de Divisa (1 y 4) (8 y 10) y (3 y 6) son los mismos genotipos.  Igualmente se pudo determinar que las muestras; Divisa 9 y Rio Hato 13, aunque tienen diferente identificación, en realidad son las mismas.  Situación que se repite con las muestras Divisa 11 y Rio Hato 12.