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La transformación digital ha modificado las dinámicas organizacionales y pedagógicas de las instituciones educativas mediante la expansión de los Entornos Virtuales de Aprendizaje (EVA). Sin embargo, su incorporación no siempre responde a decisiones estratégicas, sino a factores de accesibilidad y familiaridad tecnológica. El presente trabajo analiza, bajo un enfoque de acoplamiento institucional, cómo diferentes culturas organizacionales asimilan la implementación de distintos EVA y sus implicancias de gestión. La investigación adoptó un enfoque cualitativo-interpretativo con un diseño de estudio de caso múltiple comparativo. La muestra, seleccionada mediante un muestreo no probabilístico intencional y por conveniencia teórica, estuvo integrada por 162 participantes (4 directivos de áreas tecnológicas, 8 docentes de informática y 150 estudiantes) de tres instituciones argentinas: FAUBA (Moodle), ITLM (Chamilo) e ISPJVG (E-ducativa y Google Classroom). Los resultados evidencian que la efectividad de los EVA depende de la articulación entre el diseño pedagógico y las decisiones de gestión, identificando una tensión crítica entre la soberanía tecnológica de las plataformas institucionales y la comodidad operativa de los ecosistemas globales. Se concluye que el aporte principal de la investigación radica en operacionalizar la categoría de acoplamiento institucional como herramienta analítica para la gobernanza tecnológica, permitiendo a la gestión educativa trascender la mera adopción instrumental y mediar estratégicamente entre la soberanía del dato y la facilidad operativa.Palabras clave: entornos virtuales de aprendizaje, acoplamiento institucional, gobernanza tecnológica, soberanía digital, transformación digital, educación superior.