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Las infecciones fúngicas son uno de los problemas emergentes más importantes para la salud de las colonias de abejas. Con el fin de identificar las especies de hongos presentes en las colmenas de Apis mellifera, y así reconocer si constituyen un problema en los apiarios de la región, se realizaron dos muestreos de hongos en tres colmenas escogidas al azar, pertenecientes a tres apiarios de la provincia de Chiriquí, (San Lorenzo, Los Algarrobos y Potrerillos), durante la temporada lluviosa y seca. Los hongos se aislaron de la pared y fondo de las colmenas (PF), Larvas de obreras (LO), pupas de obreras (PO), larvas de zánganos (LZ) y pupas de zánganos (PZ). Este estudio servirá como línea base en la identificación de hongos presentes en colmenas de A. mellifera en Panamá. Las especies de hongos identificados en las colmenas fueron: Aspergillus terreus, Aspergillus flavus, Aspergillus niger, Aspergillus caespitosus, Penicillium citrinum, Penicillium decumbens, Penicillium chrysogenum, Penicillium comunne, Fusarium oxisporum, Fusarium chlamydosporum, Cladosporium herbarum, Cladosporium cladosporioides, Chrysonilia sitophila, Curvularia lunata, Rhizopus stolonifer, Beauveria bassiana y Paecylomices javanicus. Considerados B. bassiana y P. javanicus como importantes entomopatógenos. El número de especies variaron por temporadas y por condiciones de las colmenas, registrando los géneros Aspergillus como los más abundantes y frecuentes en los tres sitios muestreados. Los índices de diversidad de Shannon-Wiener de especies de hongos fueron: San Lorenzo ´H= 1.69, Los Algarrobos ´H= 2.18 y Potrerillos ´H= 2.40. Los apiarios mostraron infecciones aceptables por hongos que provienen principalmente de las plantas hospederas que son visitadas por las abejas.