Estudios anteriores ponen de manifiesto que un conjunto de actividades encaminadas a la consecución de estructuras de pensamiento formal (según Jean Piaget), benefician el aprendizaje de las ciencias. La presente investigación tuvo como objetivo evaluar la influencia de la aplicación de las herramientas del PEACYT (Proyecto Esquemas de Aprendizaje Científico y Tecnológico) en las estructuras de pensamiento de los estudiantes de secundaria. Se aplicó la prueba modificada y estandarizada de Lawson a una muestra de estudiantes que recibieron sus clases con la metodología propuesta por el PEACYT durante tres años y a grupos control que siguieron sus clases de manera tradicional durante el mismo tiempo. Se determinó y se comparó la cantidad de estudiantes que alcanzan los niveles de pensamiento concreto, formal y los que están en transición, en ambos grupos. Después de aplicarles las pruebas estadísticas de análisis de variancia y el test de Student, a los resultados, se pudo concluir que si hay diferencias significativas entre ambos grupos. Los estudiantes que reciben sus clases de manera tradicional continúan en el estadio de pensamiento concreto aún después de pasar el nivel medio superior de educación secundaria, mientras que aquellos estudiantes que siguieron clases diseñadas siguiendo las líneas y utilizando las herramientas del PEACYT, tienen un mayor porcentaje de estudiantes en el nivel de pensamiento formal y en promedio están en transición. Esto nos permite afirmar que este tipo de actividades beneficia el paso del nivel de pensamiento concreto al de transición y nos permite recomendar la utilización de la metodología propuesta por el PEACYT en las clases a nivel secundario.