La costa del Pacífico panameño está bajo la influencia de cambios ambientales naturales, como el afloramiento costero y las manifestaciones del fenómeno de El Niño, que tienen implicaciones sobre los recursos biológicos. Durante este estudio se caracterizaron las variaciones hidrológicas estacionales e interanuales en el Golfo de Panamá, se estimó la intensidad del afloramiento utilizando los datos de la temperatura superficial del mar y se evaluó preliminarmente la diversidad genotípica de los corales. Se observaron cambios notables en la calidad del agua en el Golfo de Panamá como consecuencia del afloramiento. El análisis histórico de los afloramientos en el Golfo de Panamá indica que éstos son pulsativos y con más de dos períodos y asociados a las temperaturas superficiales del mar. La temperatura representa el mejor estimado cuantitativo de la intensidad de afloramiento periódico en el Golfo de Panamá. El análisis electroforético de las isoenzimas del coral Pocillopora damicornis en Panamá sugiere la existencia de una amplia diversidad genética en las áreas térmicamente estables del Golfo de Chiriquí y en áreas de afloramiento moderado como Isla Iguana en el Golfo de Panamá. Lo anterior contrasta con la limitada diversidad de genotipos que tiene la especie en las áreas con fuerte influencia del afloramiento, como en el Archipiélago de Las Perlas y en las islas de la Bahía de Panamá.
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