Entre abril del 2002 y marzo de 2003 se realizó un estudio limnológico de la cuenca media- baja del río Santa María con el objetivo de realizar una caracterización ecológica del Río, para lo cual se establecieron 5 estaciones de muestreo, una de las cuales se ubicó en la desembocadura del río Cañazas. Para los parámetros fisicoquímicos se realizaron giras mensuales desde agosto hasta abril. En cuanto a los parámetros biológicos, los muestreos se realizaron en las dos temporadas secas consecutivas, con 5 giras en cada una, para lo cual se utilizaron diferentes aparejos y técnicas de pesca. Las variables físico-químicas medidas en el cauce del río Santa María mostraron pocas fluctuaciones a excepción de los fosfatos, mientras que en el río Cañazas las fluctuaciones fueron considerables principalmente en la temporada seca. En cuanto a los parámetros biológicos, se capturaron 51 especies de las cuales 37 pertenecen a peces una de ellas Arius cookei, primer reporte para el Santa María, 5 a moluscos y 9 a crustáceos. Los resultados indican que el río Santa María, en el área de estudio presenta, una buena calidad del agua para el desarrollo de las comunidades de peces, crustáceos y moluscos.
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