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Con el objetivo de evaluar la presencia de bacterias patógenas como Vibrio spp., y Salmonella spp, asociadas a indicadores coliformes de contaminación en la parte media y baja del río La Villa, se realizaron tres muestreos de agua en las épocas seca y lluviosa. Se aplicó la técnica de membrana filtrante y se aislaron pató-genos asociados por la técnica de cultivo de enriquecimiento y selección por medios específicos, asociados a parámetros físicos de campo como: la turbiedad y el pH. Los resultados encontrados arrojaron una mayor ocu-rrencia de coliformes totales y Escherichia coli en la época seca con 1% (p<0.0001). Se halló una mayor ocurrencia de coliformes totales en el nivel bajo de la cuenca del río con una media de 1162.7 UFC. De acuerdo a la asocia-ción de los indicadores con las bacterias patógenas, se descubrió una mayor ocurrencia de estas últimas en la época seca con un valor de 56.1% y una probabilidad de 0.432. Respecto al nivel del río, se aislaron con mayor frecuencia patógenos en la parte media, con un 65.9%, en ese mismo sentido no se detectaron diferencias entre épocas y nivel con base en el pH; en tanto que, para la turbiedad hubo diferencias altamente significativas, por lo que no hay una fuerte asociación entre los indicadores y los patógenos, a diferencia de los parámetros físicos principalmente, la turbiedad.