Seis puntos de muestreos localizados en el Lago Gatún y circundantes a la Isla de Barro Colorado, se escogieron para objeto de estudio durante un período de siete meses (enero-julio de 1998), para conocer los parámetros físico-químicos y biológicos, teniendo en consideración la influencia de la temporada seca y lluviosa. Se realizaron análisis estadístico de las muestras para determinar la posible relación de la abundancia y biomasa macrobentónica entre el carbono orgánico total en el sedimento (COT), el oxígeno disuelto (OD) y la composición de los sedimentos. Así mismo se trató de determinar la relación de la dinámica del plancton con los parámetros físico-químicos (temperatura, oxígeno disuelto, fosfato y la profundidad). Los parámetros físico-químicos durante todo el período de estudio mostraron variaciones y pequeños cambios significativos para todas las estaciones. Se observaron incrementos de los niveles de fosfatos y del carbono orgánico total de los sedimentos durante la temporada lluviosa. Los análisis de la granulometría indicaron el mayor porcentaje de arena, limo y arcilla para las estaciones E-1, E-4 y E-5. La comunidad bentónica para los dos sectores (A y B), mostró variaciones mensuales y estacionales de la abundancia y biomasa macrobentónica, al igual que estuvieron significativamente correlacionados en algunos casos con los parámetros de COT y OD. La estación E-1 mostró la mayor abundancia y biomasa de todo el estudio. La dinámica de la comunidad del plancton, para los dos sectores estudiados, se vio moderadamente distribuida y reflejó diferencias en su composición para los siete meses en todas las estaciones. El fitoplancton mostró su mayor densidad durante el mes de abril. El zooplancton alcanzó su mayor densidad durante el mes de marzo. Los análisis de correlación efectuados para los organismos del plancton con respecto a los parámetros físico-químicos, estuvieron marginalmente relacionados entre sí para todo el período de estudio.